El proyecto CCamBio es llevado a cabo por instituciones nacionales y locales entre las que se encuentran el Instituto de Meteorología, Instituto de Oceanología, Empresa Nacional para la Protección de la Flora y la Fauna (Dirección Nacional de Conservación y administraciones de los Parques Nacionales Ciénaga de Zapata y Jardines de la Reina), e Instituto de Geografía Tropical, así como otras entidades colaboradoras como los gobiernos locales, el Órgano CITMA de la Ciénaga de Zapata, el Centro de Investigación de Ecosistemas Costeros, el Centro de Investigaciones Ambientales de Camagüey y el Centro de Investigaciones Marinas.

El proyecto es liderado de forma conjunta por el Fondo Mundial para la Naturaleza (WNF) Fundación Antonio Núñez Jiménez de la Naturaleza y el Hombre y es financiado con fondos aportados por la Unión Europea y WWF.